社員や職員が異動、退職、昇格した場合はどうなりますか。

個々の暗号化ファイルに対しての権限変更の必要はありません。
暗号化カテゴリ(機密区分)の権限設定は、例外設定を除きグループ(所属)とポスト(職位)の組み合わせで行われます。そのためDataClasysサーバ上の該当ユーザのグループ等を変更するだけで、設定に応じた権限に変更可能です。