アプリケーションによってはバックアップ機能がありますが、DataClasysで暗号化したファイルのバックアップファイルは、暗号化されて保存されますか。

一太郎やAutoCADでは、開いている元のファイルが暗号化ファイルの場合、バックアップとして生成されるファイルも暗号化されたファイルとなります。
ただし、この動作はご利用のアプリケーションによって異なりますので、DataClasys無償評価版を使用し、事前の動作検証をお勧めします。
なお、バックアップファイルが保存されない場合でも対応できる場合がありますので、ご相談ください。