グループウェアの文書管理機能や決裁機能を使っていますが、DataClasysで暗号化したファイルもグループウェア上で管理できますか。

WEB系のグループウェアであれば、適切なアプリケーション登録を行う事で管理可能です。
弊社では、サイボウズ社の『サイボウズ』、とネオジャパン社の『desknet’s』で動作を確認しています。
DataClasysで暗号化したファイルも、グループウェアの文書管理機能でアップロードできます。
ただし、ウェブ送信権限と更新権限のある暗号化ファイルのみがアップロード可能であり、両権限がないファイルはアップできません。
また利用者は更新権限およびウェブ送信権限のある暗号化ファイルはPCにダウンロード可能ですが、ウェブ送信権限がなかったり、ウェブ送信権限はあっても閲覧権限しかない場合はファイルのダウンロードはできません。
なお、グループウェアによっては特殊なファイル操作をする場合があり、DataClasysで暗号化したファイルを取り扱えない場合もありますので、DataClasys無償評価版を使用し、ご利用される環境で動作をご確認いただく事をお勧めします。