どこにあるファイルが暗号化の対象となりますか。

共有ファイルサーバ上やPCのハードディスク、USBメモリ内など、どこにあっても暗号化可能です。
なお対象ファイルへアクセスを行うWindowsユーザが、Windows上の読み取り、書き込みのアクセス権限を有している必要があります。