DataClasysではWindows OSのドライバとAPIを制御していますが、どのようなメリットがあるのですか。

OSのドライバとAPIを制御する事により、DataClasysでは暗号化したままファイルを開き、権限に応じて利用できる仕組みを実現しています。
他の暗号化ソリューションでは復号（平文）ファイルを一次的に作成し、そのファイルを開いて利用させているケースがありますが、DataClasysではアプリケーションがディスクから読み出したデータのみを権限に応じて復号してアプリケーションに渡しているため、急な電源ダウン時やOSのフリーズ時に復号したファイルが残ることはありません。
また、例えば閲覧権限しかないユーザでは、暗号化ファイルのコピーが禁止されるなどの暗号化ファイル操作を、どのアプリケーションでも同様に制御することが可能です。（一部のアプリケーションでは動作しない場合も考えられますので、事前に動作確認を行って下さい。）