ファイル自体を暗号化するメリットはどこにありますか。

Windowsのアクセス制御は、基本的に一定の領域内でしか有効ではなく、共有サーバから権限者がPCへダウンロードしたファイルはアクセス制御されません。
また、ハードディスクを抜き取られて他のPCで読み込まれた場合もアクセス制御されていないため、格納されたファイルは何の制限もなく利用できてしまいます。
しかしファイルが暗号化されていれば、暗号化時の鍵情報が入手できない限り、ファイルがどこにコピーされてもハードディスクを抜き取られても、ファイルの内容を読み取られる事はありません。