自社の文書管理システムとDataClasysを連携させたいのですが、プログラム的に自動暗号化や復号はできますか。

連携の内容にもよりますが、DataClasysで使用できる各種のコマンドラインインターフェスを『開発キット』というオプション製品でご用意しています。
暗号化・復号・削除等のコマンドがありますので、バッチプログラムや連携先プログラムに組み込んでご利用いただくことが可能です。